坐便器是卫生间中接触最多污物和细菌的地方，但是很多人在打扫的时候都只是常规清洁，并没有“特别”打扫，这就成为了卫生间最大的健康隐患。清洁坐便器要注意容易藏积细菌的小地方，另外在日常使用上，好的习惯能大大减少卫浴间的细菌和微生物。
坐便器内壁清洁：坐便器常规清洁可以用清水和长柄刷子刷除马桶内壁的污迹、污垢，要特别注意内壁的缝隙和冲水口的弯曲处。大约每周清洁两次，可使坐便器基本保持干净，防止异味和大部分细菌的滋生。
如果很长时间都没有清洁坐便器，对那些发黄的顽固污迹就要使用洁厕剂进行清洁，也可以用可乐倒入马桶浸泡10分钟左右，再清洗马桶便能清除一般污垢。抽水马桶边缘所形成的黄色污垢，可将废旧的尼龙袜绑在棍子一端，蘸清洁剂刷洗。
坐便盖清洁：坐便盖经常接触人体的皮肤，清洁上要更仔细。清洁坐便盖请勿让研磨性化学制剂和化妆品直接接触坐便器盖板，因为它们会损伤表面。带图案的木盖板需要特别养护与清洁，只能使用温和的清洁剂（如碗碟洗洁精）清洗。
带有可移动软泡沫环形坐便器坐垫的盖板，可使用碗碟洗洁精加水清洗盖板，或者使用坐便器盖板专用清洁剂，用柔软的海绵或抹布清洗。
冲洗干净后，用软毛巾擦干，然后将盖板晾干，确保关键部位完全晾干。如果取下马桶盖板，可考虑用大水盆帮助清洗。坐便器最好能定期消毒，尤其是对接触皮肤的便圈，可用专门的消毒剂清洁，也可将漂白水按1∶99的比例稀释，然后刷洗坐便器表面和内部。家用坐便器消毒最好能够每周一次，至少也应该每月消毒一次。
坐便器保养：日常使用坐便器，在冲水的时候养成将坐便盖盖上再冲水的习惯能大大减少卫浴间的细菌和病菌。因为冲水时马桶盖打开，马桶内的瞬间气旋可以将病菌或微生物带到最高6米高的空中，并悬浮在空气中长达几小时，进而落在墙壁和牙刷、漱口杯、毛巾上，造成极大的污染。
马桶盖板和坐圈宜用软布清洁，禁用强酸、强碳和去污粉清洁，勿使用挥发剂、稀释剂或其他化学物清洗，否则会腐蚀表面。勿使用钢丝刷、刀片等锋利器物清洁。马桶盖板装在无水箱、低水箱时，人不可向后靠，否则会导致断裂。
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