适合在日式庭院中种植的树木种类有很多。一般常绿树有桃叶珊瑚(生长速度快,喜银。适宜在采光较弱的背阳小庭院种植。花小艳红色)、铁冬青(适应性较强,耐阴,耐瘠,耐旱,耐霜冻。喜温暖湿润的气候。喜光照,稍耐寒。对土壤要求不严,以上层深厚而肥沃的砂质壤土上栽培为宜)、黑松(阳性树种,喜光,耐寒冷,不耐水涝,耐干旱、瘠薄及盐碱土。适生于温暖湿润的海洋性气候区域,喜微酸性砂质壤土,最宜在土层深厚、土质疏松,且含有腐殖质的砂质土壤处生长。抗病虫能力强,生长慢,寿命长)、五针松(喜欢温暖湿润的环境,对光照要求很高,栽植土壤不能积水,排水透气性要好,施肥的话最好是有机肥料)、茶梅(生长速度缓慢,性喜阴湿。花期长,可从10月开至来年2月)、雪松(喜阳光充足,也悄耐阴、在酸性土、微碱)、柳杉(稍耐荫,在温暖湿润的气候和土壤酸性、肥厚而排水良好的山地,生长较快;在寒凉较干、土层瘠薄的地方生长不良)、山茶(生长速度缓慢,耐阴、寒冷、盐碱,抗烟尘)、罗汉松(喜湿润而排水良好之砂质壤土。树阴性,耐寒性弱)、厚皮香(厚皮香适应性强,又耐阴,树冠浑圆,枝叶层次感强,叶肥厚入冬转绯红,是较优良的下木,适宜种植在林下、林缘等处,为基础栽植材料)等。
落叶树:梅树(喜光、耐旱、耐寒、耐荫、根浅、喜松壤、寿命长)、紫薇(耐旱、怕涝,喜温暖潮润,喜光,喜肥,对二氧化硫、氟化氢及氮气的抗性强,能吸入有害气体)、槭树(树姿优美,叶形秀丽,秋季叶渐变为红色或黄色,还有青、紫色,为著名的秋色叶树种,可作庇荫树、行道树或风景园林中的伴生树,与其他秋色叶树或常绿树配置,彼此衬托掩映)、金缕梅(喜光,耐半阴,喜温暖湿润气候,较耐寒)、四照花(适应性强,能耐一定程度的寒、旱、瘠薄。性喜光,亦耐半阴,喜温暖气候和阴湿环境,适生于肥沃而排水良好的沙质土壤)等。
植被:玉簪(耐阴潮,一般种植在房廊边角处)、麦冬(抗阴湿性强,适合种植在苔藓不能生长的地方)、大吴风草(抗阴湿性较强,常备栽植在石质洗手钵旁做陪衬)、一叶兰(叶片四季常绿且有光泽,适宜种植在日照较弱的半阴湿润的地方)、富贵草(叶缘具粗齿状,适宜种植在半阴处,丛植生长效果会更好)、金边阔叶麦冬(丛生叶,叶片细长带叶斑)等。
苔藓:曲尾藓(叶尖为细沟状,干燥后呈镰刀形弯曲)、雨藓(纤细的分枝形状美丽,茎长可打20厘米)、砂藓(叶尖肥厚透明,适宜种植在日照充足的岩质土壤中)、灰藓(叶片上半部分呈镰刀状弯曲,不规则性分枝,适宜在日照充足的地方种植)、节茎曲柄藓(从基部伸展的针状叶片,质硬)、白发藓(呈针状的细长叶片)等。